市體育運動學校設15個內設機構:
(一)訓練科。制定學校訓練工作中遠期工作方案、年度工作計劃、工作總結并做好目標任務分解、督導、落實;負責教練員職業技能培訓、訓練水平提升、日常管理以及職業道德培養等;服務運動隊，組織參加全省、全國性各類比賽，做好運動員賽前文化課考試和信息統計工作;負責對上聯絡溝通，協調輸送優秀運動員等;負責省級、國家級各類比賽的賽事保障服務;負責教練員、運動員、裁判員隊伍建設，運動員運動等級申報工作;組織新生入學體能測試，選拔優秀體育后備人才，規范新生入學程序;負責訓練場館日常管理;負責社會力量辦訓的推廣、訓練基地的初審，訓練基地網點的聯絡、協調及管理;組織全市范圍內各類體育競賽;對接省體育訓練中心各項業務、賽訓工作。
(二)三大球運動管理中心?？茖W制定籃球、排球、足球運動訓練計劃、發展規劃并實施;負責本項目教學研究，提升訓練質量和效果;組織參加國家、省、市各項比賽。做好優秀運動員輸送工作;指導縣區實施本項目青少年業余訓練、競賽、后備人才梯隊建設工作;負責全市中小學(幼兒園)以上運動項目的普及、提升指導服務工作;對接山東省籃球管理中心、排球管理中心、足球管理中心各項業務、賽訓工作。
(三)武術學校辦公室?？茖W制定武術套路、武術散打、跆拳道、空手道、體操運動訓練計劃并實施;負責本項目教學研究，提升訓練質量和效果;組織參加國家、省、市各項比賽;做好優秀運動員輸送工作;負責全市中小學(幼兒園)以上運動項目的普及、提升指導服務工作;對接省武術院、省拳跆管理中心、省體操管理中心各項業務、賽訓工
(四)乒乓球學校辦公室?？茖W制定乒乓球、羽毛球、游泳運動訓練計劃并實施;負責本項目教學研究，提升訓練質量和效果;組織參加國家、省、市各項比賽;做好優秀運動員輸送工作;指導縣區實施本項目青少年業余訓練、競賽、后備人才梯隊建設工作;引進高水平教練員進行指導訓練;負責全市中小學(幼兒園)以上運動項目的普及、提升指導服務工作;對接省乒羽管理中心、省游泳管理中心各項業務、賽訓工作。
(五)重競技運動管理科?？茖W制定摔跤、柔道、舉重拳擊、擊劍訓練計劃并實施;負責本項目教學研究，提升訓練質量和效果;組織參加國家、省、市各項比賽;做好優秀運動員輸送工作;負責全市中小學(幼兒園)以上運動項目的普及、提升指導服務工作;對接省舉摔柔管理中心、省拳跆管理中心各項業務、賽訓工作。
(六)田徑運動管理科?？茖W制定田徑、手球、橄欖球運動訓練計劃并實施，研究、提升訓練質量和效果;組織參加各類項目比賽;做好優秀運動員輸送工作;指導縣區實施本項目青少年業余訓練、競賽、后備人才梯隊建設工作;負責全市中小學(幼兒園)以上運動項目的普及、提升指導服務工作;對接省田徑管理中心、省威海體育訓練中心(手球、橄欖球項目)各項業務、賽訓工作。
(七)射擊自行車網球管理中心?？茖W制定網球、自行車、射擊、賽艇、皮劃艇、攀巖、射箭、鐵人三項、冰雪項目運動訓練計劃并實施;負本項目教學研究，提升訓練質量和效果;組織參加國家、省、市各項比賽;做好優秀運動員輸送工作;負責全市中小學(幼兒園)以上運動項目的普及、提升指導服務工作;對接省小球聯合會、省射擊自行車運動管理中心、省水上運動管理中心各項業務、賽訓工作。
(八)教務科。負責規范教育教學管理;開展教師師德師風教育，培養、提升教師職業素養;保障教學秩序，提高教學效果，文化課綜合管理;提高學生文化素養，推進現代化教學，提高課堂質量;充分發揮全市體育中心教研組職能，開展教研指導活動，提高全市體育文化教學水平，高標準完成體育教育任務;承擔全省體育方面各類教學課題研究任務。
(九)科研中心。負責開展反興奮劑培訓教育、宣傳工作;負責提供運動員賽前、賽中、賽后的運動營養管理和指導工作;負責開展運動項目專題研究，針對青少年競技體育的普及和提高進行科學研究;探索實施體教融合、體醫融合、“體育十”政策等科技項目，對相關專業技術、專業技能進行研究;積極與科研院校、區域科研平臺、高等院校及社會組織搭建資源平臺，開展科研課題研究等;負責北體函授站招生、培訓工作，提高區域體育專業人員學歷水平。
(十)招生就業指導辦公室。負責中職招生工作;開展國職培訓及“1+X”等各類職業培訓;負責貧困生資助工作;負責學生學籍管理;負責畢業生就業指導、推薦等工作;負責中職畢業生高考、升學等工作。
(十一)學生科。負責德育工作，制定德育工作計劃及工作制度并組織實施;負責發揮團委、學生會職能，組織各類主題教育活動、公益活動和社會實踐互動;負責制定學生日常管理制度，并貫徹實施，抓好學生行為習慣培養;抓好學生一日常規管理，做好公寓、校園安全教育管理;建立和健全學校、家庭、社會三結合的教育網絡，探索建立“家校共育”機制，充分發揮家庭、社會在教育中的作用;做好新生入學、學籍檔案管理。
(十二)辦公室。負責擬定學校發展規劃、年度計劃制定及發展落實工作;負責學?？傔\轉、總協調、總調度工作及領導參謀、決策工作;負責日常行政會議、學校規章制度、通告、通知、用車管理，公務接待、節假日值班安排等綜合性工作;負責人事、檔案管理、績效考核等工作;負責省級文明單位復核及轉化文明校園工作;負責做好學校各類對上、對內評優樹先、爭創工作及學校發展各類績效考評工作。
(十三)財務科。負責財務管理，完善單位內部控制制度，規范財務工作;負責編制部門預決算報表，做好項目申報、實施及績效評價工作;負責日常業務核算，規范財務審批手續，確保報銷票據手續完備、數字準確、賬目清晰;負責各項資金的籌措、使用和管理工作;負責部門預算執行和分析，為領導決策提供參考依據;負責會計檔案管理，按照規定做好記賬憑證、賬簿、報表等會計資料的立卷、建檔和
保管工作。
(十四)總務科。負責為教學、訓練、教育、體育、科研和職工生活做好后勤服務工作;負責辦公、宿舍各類設施的修建、維護工作，消除安全隱息，確保校舍安全;負責固定資產的使用登記和維修，加強學校固定資產管理工作，嚴格執行國家有關財產物資管理制度;美化、綠化和凈化辦公室環境和校園環境;加強食堂的管理與監督。
(十五)老干部科。負責為老干部提供各類保障服務，組織開展文體活動;探索研究新形勢下，充分發揮老干部的余熱，為工作出力獻策;負責工會會員權益維護工作;負責工會會員健康查體、福利發放工作;負責組織工會會員開展文體活動。